Para el desarrollo de sus funciones el Instituto de Investigación del Patrimonio Cultural está conformado por los siguientes órganos:
- Presidencia de Honor: a cargo de nuestro Rector, Dr. Iván Rodríguez Chávez, quien orienta su política y evalúa su ejecución en armonía con los planes de desarrollo institucionales.
- Consejo Directivo: es un órgano de dirección compuesto por los Directores, correspondiéndole dirigir la marcha del instituto y adoptar los acuerdos necesarios para ello.
- Directora Ejecutiva: Dra. Sandra Negro
- Director Académico: Arq. Samuel Amorós Castañeda
- Directora de Desarrollo: Arq. María del Carmen Fuentes Huerta
